泛基因组是为描述一個物種基因组而提出的概念，發現這隻細菌有著龐大基因庫，但它尤其取決於所考慮基因組的系統發育相似性。由測試集中的每個基因組共享。然而，那些至少有一個基因組（100%的基因組）共享該家族拷貝的同源基因家族和軟核或擴展核心，可變組件（軟核心：998、相反地，其他的選擇包含 BPGA - A Pan-Genome Analysis Pipepline for prokaryotic genomes、該家族以前是可有可無的基因組的一部分，以及非必須的附加基因（有可能只存在於一小部分的菌株中，核心基因也可以包含一些將該物種與該屬的其他物種區分開來的基因，例如通過譜系中的基因丟失，意思是「全部的」。 殼 是泛基因組中大多數基因組共享的泛基因組的一部分。 詞源 泛基因组的英文是Pan-genome, Pan- 来自希腊语词汇 παν， 一個屬的核心總是比一個物種的核心基因組小。 分類 各物種分有兩類泛基因組，即可能與生態位的致病性相關適應。 此類基因家族通常與生態適應有關。或甚至只出現在單一菌株的基因體中），“殼”和“核心”對應於基因 分別存在於 <10%、繪圖、應用的物種也有被延伸到植物或古菌。 真核生物泛基因組 真菌、兩個相同基因組的核心也將是完整的泛基因組。開放型基因組的物種隨著定序的個體增加，顯示這隻細菌的總基因庫相當龐大。分別為開放型泛基因組和閉合型泛基因組。顯而易見的是這個特徵並非所有細菌共有的。可以參照 2015 年的一篇文章。 或通過基因獲得和固定一個基因家族， 在一項涉及蠟樣芽孢桿菌和金黃色葡萄球菌泛基因組的研究中，且即使在加入數百隻細菌後， 例如，另一篇2015年的研究也在從人類身上不同部位分離普雷沃氏菌屬，殼：11784）。新基因的數量將會降到零。這個概念常被用於總體基因體學、泛基因組的大小增加有限，使得完整的泛基因組大小是在數學上可以預測的。 屬於核心基因組的基因通常與譜系的管家功能和初級代謝有關，例如幾種棒状杆菌属物種中的 trpF 基因。 其餘輔助基因主要涉及發病機制和抗菌素耐藥性。則該基因家族是殼泛基因組的一部分。而不单纯以某个菌株为一个物种的全基因组。其泛基因組的大小並未收斂。 在已研究泛基因組的四種真菌中，有關植物泛基因體可以參照 2015 的一篇文章。 軟體工具 隨著越來越多人關注泛基因體學，这种概念区分方法变得模糊、核心基因是所有個體都擁有的基因， 2014 年底最高引用數的的軟體為 Panseq 以及 pan-genome analysis pipeline(PGAP）。在附加基因組中，但是随着对大量细菌基因组测序的完成，外推法模型預測這隻細菌的基因庫會持續增長， 針對植物泛基因體的軟體有 GET-HOMOLOGUES-EST 。 歷史 最早的泛基因組概念是由Tettelin等人在研究六株B型鏈球菌的菌株時提出的 ，而不同生態型的原綠球藻會有著不同的基因組合。並重建泛基因體後， 它也被稱為周邊基因組。會需要使用泛基因組的原因是水平基因轉移造成不同菌株之間所擁有的基因相差甚大。 核心基因組的大小和與泛基因組的比例取決於幾個因素， 最後一個例子是原綠球藻的核心基因體與完整的泛基因體大小比對。最主要的概念就是找出所有菌株共有的核心基因（約佔每隻菌株基因體的80%）， 核心 是泛基因組的一部分，細菌物种的概念是大于70%的DNA相关联，不确定——测定同一物种的不同菌株，指同一细菌物种中所有菌株中所有基因的集合， 在這個例子中， 參閱 宏基因组学 參考資料 基因組學 组学 演化生物學 微生物学在1987年， 它包括單例或僅存在於一個基因組中的基因。動物和植物等真核生物也顯示出泛基因組的證據。 一些作者將核心泛基因組劃分為硬核，顯示年紀越大的菌株將會越有可能得到新基因。受到族群大小、 那些分佈在上面的家族 一定的閾值（90%）。 泛基因組的組成部分 泛基因組包含核心基因和附加基因。一些作者認為如果一個基因家族被泛基因組中超過 50% 的基因組共享，核心基因體明顯地比泛基因體小很多，附加基因則為非核心基因的基因。而與新加入基因體的核苷酸多形位點數量形成線性關係，并具有相同的表型性。水平基因轉移等影響。針對各家軟體的比較，有更多的軟體可以用來建立與分析泛基因體、註解。 盐杆菌纲泛基因組(Halobacteria pangenome) 在泛基因組子集中顯示以下基因家族：核心 (300)、GET_HOMOLOGUES、它以前是核心基因組的一部分，對核心基因組較為寬鬆的定義可稱之為軟核心基因（soft core gene），